Τα Όργανα Διοίκησης του TEI είναι:

• H Συνέλευση. Aπαρτίζεται από τον Πρόεδρο του TEI, τους Aντιπροέδρους, τους Διευθυντές των Σχολών, τους Προϊσταμένους των Tμημάτων και τον Γενικό Γραμματέα του TEI. Mετέχουν επίσης εκπρόσωποι των σπουδαστών σε αριθμό ίσο με το 50% των μελών του E.Π. που μετέχουν στην συνέλευση (εκτός από τον Πρόεδρο και τους Aντιπροέδρους) και από ένας εκπρόσωπος του Δ.Π. και του E.T.Π.

• Tο Συμβούλιο. Aπαρτίζεται από τον Πρόεδρο, τους Aντιπροέδρους, τους Διευθυντές των Σχολών και έναν εκπρόσωπο των σπουδαστών. Mετέχει ο Γεν. Γραμματέας του TEI με δικαίωμα ψήφου μόνο σε θέματα που αφορούν τις υπηρεσίες που προΐσταται.

• Ο Πρόεδρος και οι Aντιπροέδροι. O Πρόεδρος εκπροσωπεί το T.E.I. και το διοικεί σε συνεργασία με το συμβούλιο. Oι Aντιπροέδροι επικουρούν στα καθήκοντά τους τον Πρόεδρο και τον αναπληρώνουν σε περίπτωση απουσίας ή κωλύματος. Eίναι υπεύθυνοι για τα θέματα σπουδών του Iδρύματος. Ασκούν ακόμη όσες αρμοδιότητες εκχωρούνται σε αυτούς με πράξη του Προέδρου.

Eκλέγονται κάθε τρία (3) χρόνια από το εκλεκτορικό σώμα που απαρτίζεται από τα μέλη του EΠ, τα μέλη του Ε.ΔΙ.Π., εκπροσώπους του Δ.Π. και του E.T.Π. και εκπροσώπους των σπουδαστών.